Die Handlung soll eine Adaption des berühmten Comic-Crossovers sein, das durch die Versetzung von Barry Allen (Ezra Miller) in die Vergangenheit eingeleitet wurde. Aufgrund seines Schmetterlingseffekts starb Bruce Wayne als Kind bei einem Raubüberfall in einer Gasse anstelle seiner Eltern, sodass sein Vater Thomas Wayne Batman und Bruces verzweifelte Mutter Martha der Joker wurde. Die Justice League existiert in dieser Version des DC-Universums nicht, da Superman in Regierungsgewahrsam ist und die Atlanter, angeführt von Aquaman, und die Amazonen, angeführt von Wonder Woman (Gal Gadot), versuchen, die ganze Welt zu erobern im Krieg miteinander. Nur Amerikas größte Hoffnung, Cyborg (Ray Fisher), der beschließt, ein neues Team zusammenzustellen, kann die verbleibenden Superhelden vereinen.