20 Jahre nach den Ereignissen des dritten Films lebt Neo sein früheres Leben von Thomas Anderson - dem berühmten Spieledesigner und Schöpfer der Kultspieltrilogie "The Matrix". Wegen seiner instabilen psychischen Verfassung geht er zu einem Psychotherapeuten, der ihm blaue Pillen verschreibt, und eines Tages spricht er im Café Simulatte mit einer Frau namens Tiffany, die sehr an Trinity erinnert, die Heldin seines Spiels. Bald geht das gemessene Leben von Mr. Anderson zu Ende und Neo muss sich daran erinnern, wofür er einst auserwählt wurde.