Emia Siro ist eine junge Magierin aus der Khomurahara Academy in der Stadt Fuyuki. Einmal wird er Zeuge des Kampfes zwischen übermenschlichen Wesen um den Heiligen Gral, ein Ritual, bei dem Magier die Meister und ihre Diener herbeirufen, um miteinander zu kämpfen. Shiro versucht den Hauptschurken aufzuhalten, ihn nicht den begehrten Gral zu gewinnen und unschuldige Menschen zu retten. Aber die Dinge geraten außer Kontrolle, als der mysteriöse Shadow chaotisch alle Menschen in Fuyuki tötet.